La chiesa, situata in quello che anticamente era il Vicus de Subtus, è attestata dal 1304. La consacrazione ufficiale risale al 20 novembre 1496, quando il vescovo Antonio Zio benedisse l’altare maggiore in onore di Sant’Egidio abate e dei Santi vescovi confessori Cirino, Egizio ed Euprepio. Intorno ad essa vi era un cimitero nel quale molti Tregnaghesi ancora sul finire del Medioevo chiedevano, tramite testamento, di essere sepolti. La chiesa ha sempre goduto di una posizione centrale in paese, vicino alla sede del Comune, mentre la pieve di Santa Maria, più a nord, era vista come un’istituzione lontana, anche se in essa si celebravano le funzioni più importanti e si battezzavano i nuovi nati.
La gestione di Sant’Egidio era affidata alla comunità tregnaghese che pagava il salario del cappellano e gli forniva un’abitazione.
L’edificio è come lo vediamo oggi dall’inizio del sec. XVIII, quando vennero eseguiti dei lavori importanti che terminarono nel 1722, dopo l’ingrandimento e la ristrutturazione radicale del tempio sacro e del vicino oratorio di Sant’Antonio ora non più esistente. L’impianto primitivo, in stile romanico, aveva orientamento opposto rispetto all’attuale, mentre campanile e sagrestia hanno mantenuto la loro collocazione originaria.
Dal 1630 le sorti della chiesa sono legate a quelle dell’edificio attualmente noto come Legato Casaro o Casari per un lascito testamentario datato 3 maggio 1630 in cui don Francesco Casari – prete tregnaghese nato probabilmente nel 1557 e cappellano amovibile di Sant’Egidio dal 1588 alla morte – cedette la sua casa al Comune per farne l’abitazione del cappellano della stessa. Fino ai primi decenni del Novecento, il sacerdote che gestiva la chiesa, nominato dal Comune, aveva il compito di fare l’insegnante ai pochi ragazzi del paese che chiedevano un’istruzione almeno di base ma non solo.
All’interno, l’altare della Concezione ospita una tela raffigurante la Madonna col Bambino, sant’Anna e san Michele, opera di Domenico Brusasorci. Nel 1858 dieci parrocchiani inviarono per iscritto alla Delegazione Provinciale una lamentela sul parroco don Felice Panato che, a loro dire, voleva sospendere l’utilizzo dell’altare per la speciosa ed insussistente ragione della nudità totale del divino Infante, che posa in grembo della Madre. Gli scriventi facevano notare che l’immagine in discorso è coperta da apposita cortina, che non veniva calata che una sol volta per settimana nella Messa del venerdì ed anche allora impedita ala chiara vista della condannata nudità da candelabri e da una fitta cerchia di ferree spranghe che cingono il presbiterio.
Nel 1765 in chiesa c’erano altri due altari dedicati a San Francesco e Santa Lucia. In ricordo di quest’ultimo è ancora visibile a sinistra dell’altare maggiore un dipinto datato 1559 che raffigura sant’Agata, santa Lucia e santa Caterina, e porta la scritta: Fatta de propria pecunia del R. | Q. D. Marco di Zanbeneti di Rizzi | sborsata per M Antonio Zambaro de l’anno 1559.
Nel 1921 furono decorate le capriate e le travi a vista del tetto per volere dell’allora cappellano don Marco Ferruccio Spada.
